La idea de aceptación pasiva de la naturaleza más que el intento por conquistarla del filósofo Tetsuro Watsuji -a quien está dedicado- es retomada en la mimesis de la topografía de las colinas que rodean el edificio. La rampa y la plataforma de acceso evocan los elementos del puente y escenario del teatro Noh (teatro tradicional japonés), aludiendo a la historia local.
El edificio principal está formado por dos cubos de 22.5 metros, que se interpenetran en un ángulo de 30 grados. Un cilindro de 40 metros de diámetro cierra uno de estos cubos para formar una zona de exhibición en espiral. El anexo de biblioteca y archivo está formado por una caja rectangular de cristal y un cubo de 13 metros rotado 45 grados con respecto a la primera caja. La caja de cristal está compuesta por tres cuadrados y cortada por un muro de hormigón en un ángulo de 30o. El eje de este edificio es un muro de hormigón de dos pisos que corta la superficie vidriada.
El elemento final de este grupo de edificios es el bokeitei: una casa de estilo tradicional japonés. Las tres partes del museo están conectadas a través de cascadas y estanques de agua.