Posee la colección más importante del mundo de pintura española, especialmente obras de Velázquez y Goya, desde los siglos XI al XIX. También se exponen impresionantes colecciones extranjeras sobre todo de autores italianos y flamencos.
Dentro de las colecciones se encuentran obras de la Escuela Española, de las Escuelas Flamenca y Holandesa, de la Escuela Francesa, de la Escuela Alemana y Pintura Italiana. En el Casón del Buen Retiro, anexo del Prado, se exhiben pinturas y esculturas del siglo XIX y comienzos del XX.
El Prado debe su origen a la afición coleccionista de las dinastías gobernantes a lo largo de varios siglos. Refleja los gustos personales de los reyes españoles y su red de alianzas y sus enemistades políticas.
Junto con el Museo Thyssen-Bornemisza y el Museo Nacional Centro de Arte Reina Sofía, el Museo Nacional del Prado forma el llamado Triángulo del Arte, meca de numerosos turistas de todo el mundo.
El edificio que alberga el Museo del Prado fue concebido inicialmente por José Moñino y Redondo, conde de Floridablanca, como Real Gabinete de Historia Natural, en el marco de una serie de instituciones de carácter científico... Pero la llegada de las tropas francesas a España y la Guerra de la Independencia dejaron su huella en él; se destinó a fines militares (cuartel de caballería) y cayó prácticamente en un estado de ruina; las planchas de plomo de los tejados fueron fundidas para la fabricación de balas.
A partir de 1818 se inició la recuperación del edificio, sobre la base de nuevos diseños del propio Villanueva, sustituido a su muerte por su discípulo Antonio López Aguado.
El 19 de noviembre de 1819 se inauguraba discretamente el Museo Real de Pinturas (primera denominación del museo), que mostraba algunas de las mejores piezas de las Colecciones Reales españolas. En años sucesivos se irían añadiendo nuevas salas y obras de arte.
En 1868, el Museo Real pasó a ser nacional, asumiendo la designación como Museo Nacional de Pintura y Escultura. Esta denominación se mantuvo hasta 1920, año en que por Real Decreto recibió oficialmente la actual de Museo Nacional del Prado, que era como se lo conocía habitualmente ya con anterioridad, por haberse construido el edificio en terrenos del antiguo Prado de los Jerónimos.
A pesar de diversas ampliaciones de alcance menor, el Prado sufría limitaciones de espacio. En 1995 se convocó un concurso para su remodelación integral, ganado por los arquitectos Dionisio Hernández Gil y Rafael Olalquiaga, ejecutándose las obras entre 1996 y 2001.
En 2007 concluyó la ampliación más importante de su historia, llevada a cabo por el arquitecto Rafael Moneo, cuyo plan añadía un edificio de nueva planta articulado en torno al claustro restaurado de los Jerónimos.