La construcción de un sencillo y pequeño templo se inició poco después de la conquista de la ciudad, hacia 1527, para ser concluida hacia 1530. Se reconstruyó por primera vez entre 1556 y1571, para ampliar las dependencias del convento y capillas alrededor del templo principal. Esa segunda iglesia fue dañada severamente durante una inundación de la ciudad, y se decidió volver a reconstruirlo, en un fastuoso estilo barroco diseñado por Pedro de Arrieta, durante la primera mitad del siglo XVIII, cuando tomó su aspecto actual. A finales del siglo XVIII se introdujeron cambios en el interior con decoraciones neoclásicas, la iglesia actual es de tres naves con capillas en las laterales con crucero y cúpula, tiene una torre en el costado poniente del conjunto.