Esta mezquita pretendía ser un gran centro ceremonial, y el centro de atención de la ciudad, de hecho fue construida en la Gebel Yashkur (la colina de dar gracias) una pequeña colina en la que la leyenda local decía que el Arca de Noé había quedado varada (en lugar del Monte Ararat). Originalmente tras ella se ubicaba el palacio de Ibn Tulun, y éste tenía acceso propio a la mezquita. La ciudad de Al-Qatta´i fue destruida en el siglo X y anexada a El Cairo, la mezquita es la única estructura superviviente de todos los avatares históricos.
Construida en el período tluní, está rodeada por un muro exterior de gran altura, y en tres de sus lados por unos antepatios muy angostos. El espiral de la parte inferior del minarete pone de manifiesto su vínculo con el estilo arquitectónico de las mezquitas abasíes de Samarra (Irak).