El nuevo complejo del museo se compone de dos edificios: una administración y un edificio para exposiciones. En el sótano se almacenan las colecciones del museo, y la gran plataforma exterior y su parque permiten realizar diferentes eventos.
En 1997, el museo se trasladó al primer edificio renovado en la parte sur del antiguo complejo de cuarteles militares (construido entre 1886-1889 para la infantería del ejército de los Habsburgo) en la calle Metelkova. Este edificio tiene 1900m2 para actividades de administración, documentación, información y comunicación, investigación, audiovisual, editorial, conservación y restauración, además de una sala de lectura pública, una sala de conferencias y una pequeña zona de exposición. En el verano de 2002 comenzó la construcción y el proceso de renovación del edificio destinado a exposiciones, que se completó en 2004, seguido en diciembre de 2004 por la inauguración oficial del nuevo museo bajo el lema "The Time Has Come".