Situado en los jardines externos del Palacio de Topkapi, el museo fue fundado como museo imperial (Imparatorluk Müzesi). En 1891 se inauguró en el edificio principal bajo la dirección del pintor y arqueólogo Osmán Hamdi Bey. El museo pronto incrementó sus colecciones con fondos provenientes de todo el Imperio Otomano. La colección del museo abarca unas veinte salas distribuidas a lo largo del edificio antiguo. Estas salas están divididas en las siguientes galerías: Arqueología clásica / Colección tracia, bitinias y bizantinas / Estambul a lo largo del tiempo / Anatolia y Troya / Culturas adyacentes a Anatolia / Museo del antiguo oriente / Azulejos y cerámicas turcas.