Este grupo de edificios, originalmente de la familia Papafava, pasó a ser propiedad de un carnicero como regalo de Francesco I de Carrara, señor de Padua, en 1405. El carnicero abrió una posada, que tenía como logo un cráneo de buey. La propiedad en Del Bove pasó posteriormente en 1539 en la Universidad, pero el nombre de "Palazzo del Bo" se ha mantenido hasta nuestros días.
A mediados del siglo XVI, el Bo se altera y renueva radicalmente. El cuerpo alrededor del cual se desarrolla el edificio (el famoso Patio viejo, con una doble hilera de columnas que se distribuye en dos plantas) toma la forma que conocemos hoy. Esta intervención arquitectónica radical se atribuye al arquitecto Andrea Moroni, que en aquellos años era muy activo en la ciudad.
Al pie de la escalera que conduce a la galería superior, hay una estatua de Elena Lucrezia Cornaro, la primer mujer en el mundo en lograr un título en filosofía; a través de la galería superior se llega a las salas de interés histórico como el antiguo teatro anatómico de 1594, la Sala dei Quaranta, donde es aún mantenía la silla de Galileo, el Aula Magna, con las paredes cubiertas con escudos de armas y decoraciones y el techo con frescos, y la Sala del Senado Académico, donde se mantiene el retrato de Vittorio Emanuele II pintado por Achille Astolfi en 1870.
A partir de 1932, a través de la demolición de los últimos edificios circundantes, se construyó la nueva ala del Palazzo del Bo en torno al "Nueva patio", construida bajo el estilo fascista. En este sentido, en el "Nuevo Patio" se pueden ver los elementos típicos del fascismo como fasces y efigies de Il Duce.
El famoso arquitecto Gio Ponti diseñó el hueco de la escalera al Rector y numerosos artistas del siglo XX contribuyeron con esculturas y frescos que decoran el ala nueva.
El Teatro Anatómico es el primer anfiteatro anatómico permanente del mundo, destinado a la disección de cadáveres. Es una estructura de madera, de sección cónica y planta elíptica, con seis anillos; la única de su tipo y época que está perfectamente conservada.
En 2013 se completaron los trabajos de restauración que implicó la preservación de la fábrica y la restauración de todos los ornamentos decorativos con la eliminación de las intervenciones recientes irrelevantes.