El Museion fue fundado por Ptolomeo I Sóter con el fin de atraer población griega por medio de la cultura y el saber, y a su vez tratar de contrarrestar la considerable fuerza de la milenaria cultura egipcia creando un centro de investigación donde el griego fuese la lengua principal o incluso única pero en el 391 fue cerrado por el patriarca Teófilo, que estaba sujeto a las órdenes del emperador Teodosio.
El Museion contaba con diversas dependencias al servicio de los eruditos y sabios; salas de conferencias, laboratorios y observatorios, además de la zona de alojamiento y comedor. Pero destacaba sobre todas ellas su biblioteca, que ha llegado a conocerse como la "gran Biblioteca de Alejandría". El mismo podía cumplir una función instructiva, pero también propagandística y como reacción cultural ante una cultura que siempre consideraron superior; pero se desconoce cual era su estructura, su emplazamiento exacto, las obligaciones impartidas a sus huéspedes o sus fuentes exactas de financiación.
En el año 2003 se inauguró el Museo Nacional de Alejandría, ubicado en el Palacio Al-Saad Bassili Pasha. Construido con las más modernas tecnologías, sus más de mil ochocientos objetos nos narran la milenaria historia de la ciudad, desde la época faraónica hasta la islámica. La planta baja está dedicada a los monumentos faraónicos; la primera al mundo griego y romano; y la segunda planta al mundo copto e islámico. Entre las principales obras del período faraónico destacan la estatua del faraón Micerinos (Menkaure), y los bustos de Akhenaton y de la reina Hatshepsut. Del período romano, son reseñables el busto del emperador Adriano y la estatua de granito rojo del emperador Caracalla. También es de especial interés la sección dedicada a los hallazgos realizados en las excavaciones submarinas, como la estatua de basalto negro de una sacerdotisa del templo de Isis o la estatua de granito de la propia diosa, de 2,2m. de altura, descubierta en el 2001.